В первую очередь ваш почтовый сервер должен предусматривать работу с протоколом IMAP, кроме того на сервере должен быть ACL (access control list) для IMAP.
Если данные условия выполнены, то можно настроить совместную работу с почтовым ящиком для нескольких пользователей, для того чтобы работать с почтой необходимо чтобы каждый пользователь мог присвоить письму определённую метку, а также обозначить что он прочитал и/или принял в работу данное письмо.
Для того чтобы метки у всех пользователей совпадали, необходимо привести к одинаковому виду файл prefs.js.
В linux он расположен по адресу:

~/.thunderbird/

В Windows 7

C:\Users\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\

Для начала пользуясь интерфейсом пользователя Thunderbird на основной машине добавляем\изменяем метки, после чего открываем для редактирования prefs.js, далее находим все строчки начинающиеся

user_pref("mailnews.tags.

И копируем их.
Затем на остальных машинах открываем файл prefs.js, и заменяем строки

user_pref("mailnews.tags.

На те которые мы ранее скопировали

Важно: В Windows при закрытии приложения файл prefs.js восстанавливает своё предыдущее значение, если изменения были внесены руками, поэтому при внесении изменений необходимо предварительно закрыть клиент.

Вот собственно и все настройки, теперь метки доступны для всех пользователей ящика.